外阴鳞状细胞癌的基因组图谱

摘要:外阴鳞状细胞癌(VSC)占外阴癌的90%。VSC 的二代测序研究显示人乳头瘤病毒(HPV)和 p53 状态在肿瘤的发生和预后中发挥着不同的作用。我们试图描述 VSC 的基因组学,并分析与 HPV 和 p53 状态相关的免疫学特征。共有443例 VSC 肿瘤进行了肿瘤谱分析。对从福尔马林固定的石蜡包埋肿瘤样本中提取出的基因组 DNA 进行二代测序分析。通过片段分析、IHC 和二代测序对 PD-L1、微卫星不稳定性进行了检测。肿瘤突变负荷——高定义为>10个突变每 MB。对105例样本进行全外显子组测序,确定 HPV 16/18阳性(HPV+)状态。从105个已知 HPV 样本中建立了三个队列:HPV+,HPV−/p53wt,和 HPV−/p53mt. 在检测 HPV 和 p53 状态时,HPV+的肿瘤都没有出现 TP53 突变。37%的肿瘤为 HPV+。在66例 HPV−肿瘤中,52例(78.8%)为 HPV−/p53mt,14例(21.2%)为 HPV−/p53wt。与其他两组相比,HPV−/p53wt 组有着更高频率的 PI3KCA 基因突变(42.9%HPV−/p53wtvs 26.3% HPV+ vs. 5.8% HPV−/p53mt,q=0.028)和PI3K/AkT/mTOR通路改变(57.1% HPV−/p53wt vs. 34.2% HPV+ vs. 7.7% HPV−/p53mt,q=0.0386)。对98例具有 HPV16/18 信息的 VSC 肿瘤进行转录组学分析以及免疫去卷积方法分析。在免疫图谱上没有观察到差异。HPV−/p53wtVSC 肿瘤的 PI3KCA 基因突变和 PI3K/AKT/mTOR 通路改变的频率明显升高,这是这一亚型中值得进一步研究的潜在靶点。

毕学杰 翻译 胡丹 审校

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